Новогрудская епархия учреждена в 1992 г., но, с точки зрения церковной истории, существование современной Новогрудской епархии - это возобновление древней архиепископской кафедры, которая была основана в начале 14 в. (ранее 1317 г.)
В XIV в. Новогрудок был центром митрополии. Во главе митрополии стоял митрополит Новогрудский и Литовский. Первым митрополитом был высокопреосвященнейший Феофил. Кафедра митрополита находилась в Новогрудке – столице Великого Княжества Литовского. Литовская митрополия подчинялась Константинопольскому патриархату. Но вскоре, из-за политических нестроений, Новогрудская митрополия была упразднена и превратилась в Новогрудскую епархию, канонически подчиненную митрополиту Киевскому и Всея Руси. В конце 14 в. Новогрудской епархией управлял митрополит Киевский св. Киприан. После кончины св. Киприана епископская кафедра в Новогрудке перешла к его преемнику, митрополиту Киевскому Фотию.
У митрополита Фотия не сложились отношения с правителем Великого княжества Литовского, язычником князем Витовтом. Витовт потребовал от Литовской Церкви созвать в Новогрудке архиерейский собор и провозгласить автокефалию (полную каноническую независимость Литовской Церкви). Под угрозой физической расправы с архиереями автокефалия была провозглашена. Первым автокефальным митрополитом стал Григорий Цамблак. Позднее он добровольно покинул кафедру митрополита, принес церковное покаяние, и остаток жизни провел в Нямецком монастыре (Молдавия), приняв схиму с именем Гавриил. Григорий Цамблак – выдающийся церковно-славянский писатель 15 в. После добровольного ухода Григория Цамблака церковный раскол был преодолен, а Новогрудская епархия перешла под управление митрополита Фотия, который посещал Новогрудок в 1421 и 1430 годах.

